Neuillé-Pont-Pierre, du latin « Novellus » pour Neuillé qui veut dire nouveau, «Pons» signifiant Pont, et «Petra» pour Pierre est une très vieille commune où l’on retrouve encore beaucoup de pierres du Paléolithique, néolithique mais également le dolmen de « Marcilly ».
Le pont de pierre qui fut construit à l’époque du XIème siècle donna son nom au village de Neuillé qui devint donc Neuillé-Pont-Pierre. Ce pont fut l’un des plus anciens qui aient été construits dans la région après celui de Tours, édifié en 1030.
C’est en 1231 que fut formé ce fief par la dîme appartenant alors à Hugues des Roches. En 1473, c’est le roi Louis XI qui en est propriétaire. Au XVIIIème siècles, plusieurs familles se partagent alors ce fief, notamment celles des Rieux et Le Pellerin De Gauville. A cette même époque, Neuillé-Pont-Pierre fut envahie par les « Chouans », venus du Mans. Neuillé-Pont-Pierre possède sur son territoire plusieurs fermes fortifiées, qui présentent encore de belles traces de leur passé. Par ailleurs Armand Moisant, né sur la Ferme de Marcilly fut un précurseur en matière de fermes modèles, comme « Thoriau » et « Platé ».
Notre cité, pendant le deuxième conflit mondial, fut libérée par les américains le 12 août 1944. Une particularité alors, Tours n’étant pas libérée, Neuillé-Pont-Pierre devient provisoirement le Chef-lieu du département (Préfecture), jusqu’au 2 septembre de la même année.